ในยุคนี้ เริ่มมีการจัดทำวารสารกลุ่มเภสัชกรโรงพยาบาลด้วยเพื่อเผยแพร่งานวิจัยและข้อมูลด้านยาให้กับสมาชิกอย่างสม่ำเสมอแต่การจัดกิจกรรมต่าง ๆ โดยเฉพาะการจัดการประชุมวิชาการที่เกี่ยวข้องกับงานเภสัชกรรมโรงพยาบาลยังไม่ได้รับการสนับสนุนจากภาคส่วนอื่นเท่าที่ควร เพราะมีสถานะเป็นเพียงกลุ่มสาขาย่อยของวิชาชีพภายใต้เภสัชกรรมสมาคมแห่งประเทศไทยในพระบรมราชูปถัมภ์ซึ่งเป็นสมาคมวิชาชีพเภสัชกรรมที่มีฐานะเป็นที่ยอมรับทางสังคม
ภญ.ศรีดารา วิจิโน หัวหน้ากลุ่มงานเภสัชกรรมโรงพยาบาลประสาทในสังกัดกรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข หนึ่งในกลุ่มผู้บุกเบิกรุ่นแรกซึ่งมีประสบการณ์การทำงานในต่างประเทศโดยเฉพาะงานด้านเภสัชกรรมคลินิกและทำงานดูแลผู้ป่วยร่วมกับแพทย์ได้ขึ้นมาเป็นประธานกลุ่มเภสัชกรโรงพยาบาล ท่านมุ่งมั่นที่จะพัฒนาศักยภาพและบทบาทเภสัชกรรมโรงพยาบาลในประเทศให้ก้าวหน้าทัดเทียมสากลด้วยการเปลี่ยนสถานะของกลุ่มให้เป็นสมาคมวิชาชีพเช่นเดียวกับในหลาย ๆ ประเทศที่มีการจัดตั้งสมาคมวิชาชีพเภสัชกรรมโรงพยาบาลขึ้นเป็นการเฉพาะ
แนวความคิดดังกล่าวมีผู้เห็นค้านว่าจะกระทบต่อความเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันของเภสัชกรจึงขาดเงินทุนสนับสนุน แต่ ภญ.ศรีดารา วิจิโน และเภสัชกรอีกหลายท่านสามารถฝ่าฟันผ่านอุปสรรคทั้งหลายได้ในที่สุด ได้รับอนุญาตให้จดทะเบียนก่อตั้ง สมาคมเภสัชกรรมโรงพยาบาล (ประเทศไทย) หรือชื่อภาษาอังกฤษว่า The Association of Hospital Pharmacy (Thailand) เมื่อวันที่ 29 กันยายน พ.ศ.2532 ซึ่งเป็นวันคล้ายวันเกิดของ ภญ.ศรีดารา วิจิโน นายกสมาคมเภสัชกรรมโรงพยาบาล (ประเทศไทย) คนแรก
ภารกิจของสมาคมในช่วงแรกเน้นหนักไปที่การสร้างความยอมรับในตัวสมาคมและการพัฒนาวิชาชีพนอกจากการจัดประชุมวิชาการเพื่อเพิ่มพูนองค์ความรู้ให้เภสัชกรโรงพยาบาลแล้ว ยังมีการจัดทัศนศึกษาให้เภสัชกรโรงพยาบาลไปดูงานโรงพยาบาลในประเทศสิงคโปร์ เพื่อนำประสบการณ์ที่ได้มาประยุกต์ใช้ในการพัฒนางานเภสัชกรรมโรงพยาบาลในประเทศไทยด้วย
เมื่อ ภญ.ศรีดารา วิจิโน จำเป็นต้องลาออกจากวงการไปด้วยปัญหาความเจ็บป่วย ภญ.คุณหญิงทิพาพร สิตปรีชา หัวหน้าแผนกเภสัชกรรม โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ ซึ่งได้รับการเรียนเชิญให้เป็นนายก สมาคมเภสัชกรรมโรงพยาบาลคนที่ 2 ได้สร้างความต่อเนื่องและเข้มแข็งให้แก่สมาคม
เน้นการสร้างจุดแข็งทางวิชาการ ด้วยการจัดการประชุมวิชาการสำหรับเภสัชกรโรงพยาบาลอย่างสม่ำเสมอปีละ 2-3 ครั้ง โดยจัดงานประชุมใหญ่ปีละครั้ง และปรับปรุงคุณภาพของวารสารสมาคมเภสัชกรรมโรงพยาบาลให้มีมาตรฐานเพื่อเป็นแหล่งเผยแพร่ความรู้และผลงานทางวิชาการของเภสัชกรจากโรงพยาบาลต่าง ๆ ปีละ 2 ฉบับ
นอกจากนี้ ยังจัดให้มีการเดินทางไปดูงานเภสัชกรรมโรงพยาบาลและโรงงานผลิตยาของประเทศต่าง ๆ ในยุโรป เพื่อเปิดโลกทัศน์ให้เห็นความก้าวหน้าของงานเภสัชกรรมโรงพยาบาลในต่างประเทศ รวมทั้งส่งเสริมให้มีการเข้าร่วมงานประชุมของ สหพันธ์เภสัชกรรมสมาคมแห่งเอเชีย (Federation of Asian Pharmaceutical Association: FAPA) ในต่างประเทศหลายครั้ง เพื่อแลกเปลี่ยนเรียนรู้ประสบการณ์กับเภสัชกรจากประเทศต่าง ๆ
ในช่วงที่ดำรงตำแหน่งนายกสมาคมฯ วาระที่ 2 (2538-2540) ภญ.คุณหญิงทิพาพร สิตปรีชา ได้ชักชวน รศ. ภญ.ธิดา นิงสานนท์ อาจารย์ประจำคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ซึ่งลาออกมาทำงานบริหารในโรงพยาบาลเอกชน เข้ามาร่วมงานในตำแหน่งเลขาธิการ ทำให้ความเข้มแข็งทางวิชาการของสมาคมชัดเจนมากขึ้น ด้วยคุณวุฒิและความสามารถที่โดดเด่นในแวดวงวิชาการ
ภญ.คุณหญิงทิพาพร สิตปรีชา และ รศ. ภญ.ธิดา นิงสานนท์ นายกสมาคมคนที่ 2 และ 3 ได้สร้างสถานะของสมาคมให้มีความก้าวหน้าเป็นอย่างมากด้วยจุดแข็งทางวิชาการที่ทันสมัย และทำให้สมาคมมีฐานะเป็นสมาคมวิชาชีพอย่างเต็มภาคภูมิด้วยการกำหนดมาตรฐานวิชาชีพ และมีบทบาทสำคัญเป็นที่ยอมรับในกระบวนการพัฒนาคุณภาพสถานพยาบาลซึ่งเป็นกระแสที่ส่งผลต่อการเปลี่ยนแปลงครั้งยิ่งใหญ่ของงานเภสัชกรรมโรงพยาบาลในระยะต่อมา
ภญ.ปรานี ภิญโญวัฒยากร ซึ่งเป็นกรรมการสมาคม มาตั้งแต่ปี พ.ศ.2538 ได้รับเลือกตั้งเป็นนายกสมาคมคนที่ 4 ยังคงสานต่อกิจกรรมด้านวิชาการเพื่อพัฒนางานวิชาชีพอย่างต่อเนื่อง เช่นเดียวกับในวาระของนายกสมาคมคนที่ 5-7 คือ ภญ.ทัศนีย์ เขียวขจี, ภญ.อุไร หนุนภักดี และ ภญ.วนิดา เดชาวาศน์ ที่ดำรงตำแหน่งคราวละ 2 ปี ตั้งแต่ พ.ศ.2546-2552 การดำเนินการของสมาคมฯ มีความก้าวหน้ามากขึ้นเป็นลำดับอย่างต่อเนื่อง
มีการจัดประชุมวิชาการและการประชุมเชิงปฏิบัติการมากขึ้นจากปีละ 6 ครั้ง เป็นปีละ 12 ครั้ง โดยการประชุมเชิงปฏิบัติการส่วนใหญ่เป็นกิจกรรมของ กลุ่มชุมชนนักปฏิบัติ ต่าง ๆ ที่มีการก่อตั้งขึ้นในช่วงเวลาดังกล่าว อาทิ กลุ่มเภสัชกรสาขาโรคมะเร็ง (GTOPP) กลุ่มเภสัชกรผู้ปฏิบัติงานด้านการประเมินและติดตามอาการไม่พึงประสงค์จากการใช้ยา (ADCoPT) กลุ่มเภสัชกรผู้ดูแลผู้ป่วยติดเชื้อเอชไอวี/เอดส์ (PIPHAT) กลุ่มเภสัชกรผู้ดูแลผู้ป่วยที่ใช้ยาวาร์ฟาริน ฯลฯ
ภก.วิพิน กาญจนการุณ ผู้ได้รับรางวัลเภสัชกรดีเด่นด้านการบริหารจัดการงานเภสัชกรรมจากสมาคมเภสัชกรรมโรงพยาบาล (ประเทศไทย) ได้รับเลือกตั้งเป็นนายกสมาคมคนที่ 8 โดยเป็นนายกสมาคมคนแรกที่มาจากโรงพยาบาลในส่วนภูมิภาค ทำให้สมาคมเป็นที่รู้จักของกลุ่มเภสัชกรโรงพยาบาลทั้งส่วนกลางและภูมิภาครวมทั้งมีการขยายวาระการทำงานของคณะกรรมการจากเดิม 2 ปี เป็น 3 ปี ด้วยความเห็นชอบของสมาชิกสมาคมในวาระการประชุมใหญ่สามัญประจำปี พ.ศ.2554
ภก.สมชัย วงศ์ทางประเสริฐ หัวหน้ากลุ่มงานเภสัชกรรมโรงพยาบาลระยอง ได้รับเลือกเป็นนายกสมาคมฯ คนที่ 9 วาระปี 2555-2558 โดยยังคงมีนโยบายสานต่อกิจกรรมต่าง ๆ และประสานกับหน่วยงานภาครัฐด้วย
ภก.อำนวย พฤกษ์ภาคภูมิ หัวหน้ากลุ่มงานเภสัชกรรมโรงพยาบาลสมุทรสาคร ซึ่งได้รับรางวัลเภสัชกรดีเด่นด้านบริหารจัดการปี พ.ศ.2548 และมีประสบการณ์การทำงานในคณะกรรมการสภาเภสัชกรรม 2 วาระ ได้รับเลือกเป็นนายกสมาคมฯ ต่อจาก ภก.สมชัย และยังคงได้รับเลือกให้ดำรงตำแหน่งเดิมต่ออีกวาระในปี พ.ศ.2561
สมาคมได้ขอเช่าพื้นที่ในอาคารใหม่ชั้น 16 โรงพยาบาลเทพธารินทร์ ถนนพระราม 4 สร้างเป็นสำนักงานของสมาคม ตั้งแต่ปี พ.ศ.2551 เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน โดยมี ภญ.ปรานี ภิญโญวัฒยากร นายกสมาคมคนที่ 4 เป็นผู้อำนวยการสมาคม ดำเนินการบริหารจัดการด้านธุรการเพื่อสนับสนุนการทำงานของนายกและกรรมการบริหารสมาคมจนถึงปัจจุบันทำให้การดำเนินงานต่าง ๆ มีความต่อเนื่องและสร้างความมั่นใจให้กับสมาชิก รวมทั้งสามารถรองรับการขยายตัวของกิจกรรมสมาคมได้อย่างมีประสิทธิภาพ
